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Pubmed for Handhelds

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  • Title: Molecular characterization of Streptococcus suis strains by 16S-23S intergenic spacer polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism analysis.
    Author: Marois C, Le Devendec L, Gottschalk M, Kobisch M.
    Journal: Can J Vet Res; 2006 Apr; 70(2):94-104. PubMed ID: 16639941.
    Abstract:
    We developed a new molecular method of typing Streptococcus suis based on polymerase chain reaction (PCR) amplification of a large fragment of rRNA genes, including a part of the 16S and 23S genes and the 16S-23S intergenic spacer region (ISR), followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis with RsaI or MboII endonuclease. The 16S-23S ISRs of 5 S. suis isolates were sequenced and compared. Size and sequence polymorphisms were observed between the S735 reference strain and the 4 wild-type strains. The genetic relationships between 138 independent S. suis strains belonging to various serotypes, isolated from swine or human cases, were determined. The discriminatory power of the method was > 0.95, the threshold value for interpreting typing results with confidence (0.954 with RsaI and 0.984 with RsaI plus MboII). The in vitro reproducibility was 100%. The strains isolated from humans were less genetically diverse than the strains isolated from pigs. For the first time, 2 molecular patterns (R6, M9) were significantly associated with S. suis serotype 2 strains. This genetic tool could be valuable in distinguishing individual isolates of S. suis during epidemiologic investigations. Une nouvelle méthode de typage moléculaire de Streptococcus suis a été développée. Elle est basée sur l’amplification génique des régions intergéniques présentes entre les gènes codant pour l’ARNr 16S et 23S de S. suis (ISR) et sur une microrestriction du produit amplifié à l’aide des enzymes de restriction RsaI et MboII. Les régions intergéniques présentes entre les gènes codant pour l’ARN 16S et 23S de cinq isolats ont été séquencés et comparés. Des polymorphismes de taille et de séquence ont été observés entre la souche de référence S735 et les quatre souches sauvages. Les relations phylogénétiques entre 138 souches de S. suis ont été étudiées. Elles n’étaient pas reliées entre elles, étaient isolées chez l’homme ou chez le porc et appartenaient à différents sérotypes. La technique s’est révélée discriminante (indice de discrimination supérieur à 0,95 : valeur limite pour interpréter les résultats de typage avec confiance) et reproductible (D = 0,954 avec RsaI et D = 0,984 avec RsaI et MboII). Les profils génétiques obtenus à partir des souches humaines sont apparus plus homogènes que ceux des souches isolées chez le porc. Pour la première fois, deux profils (R6, M9) ont été significativement associés aux souches appartenant au sérotype 2. Cette méthode pourrait donc être fort utile pour identifier S. suis, lors de suivis épidémiologiques de l’infection en élevage. (Traduit par les auteurs)
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